978-5-907561-33-5 10.31483/a-10364 Фундаментальные и прикладные исследования по приоритетным направлениям биоэкологии и биотехнологии Fundamental and applied research for key propriety areas of bioecology and biotechnology

В сборнике представлены статьи участников V Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Фундаментальные и прикладные исследования по приоритетным направлениям биоэкологии и биотехнологии». В материалах сборника приведены результаты теоретических и прикладных изысканий представителей научного и образовательного сообщества в области биологии и медицины.

 chief_editor Антонова Елена Ивановна Antonova Elena Ivanovna https://orcid.org/0000-0002-3686-9686 antonov_67@mail.ru Ленгесова Наталья Анатольевна Lengesova Natal'ia Anatol'evna https://orcid.org/0000-0001-7512-6386 lengesova@yandex.ru Антонова Елена Ивановна Antonova Elena Ivanovna https://orcid.org/0000-0002-3686-9686 Антонова Елена Ивановна Antonova Elena Ivanovna https://orcid.org/0000-0002-3686-9686 Ленгесова Наталья Анатольевна Lengesova Natal'ia Anatol'evna https://orcid.org/0000-0001-7512-6386 Беззубенкова Ольга Евгеньевна Bezzubenkova Ol'ga Evgen'evna https://orcid.org/0000-0002-3243-6381 Коняев Игорь Сергеевич Koniaev Igor' Sergeevich Масленников Андрей Викторович Maslennikov Andrei Viktorovich https://orcid.org/0000-0002-1421-7484 Куницына Анастасия Владимировна Khambikova Anastasiia Vladimirovna Фундаментальные и прикладные исследования по приоритетным направлениям биоэкологии и биотехнологии Fundamental and applied research for key propriety areas of bioecology and biotechnology 20 05 2022 Ульяновск ИД «Среда» 2022 © 2022 Valeriia V. Voronina, Elena I. Antonova © 2022 Воронина В. В., Антонова Е. И. 2022 Воронина В. В., Антонова Е. И. Valeriia V. Voronina, Elena I. Antonova This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0) Это произведение доступно по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0) 102503 Идентификация и классификация структурных мотивов длинных некодирующих РНК Identifikatsiia i klassifikatsiia strukturnykh motivov dlinnykh nekodiruiushchikh RNK Воронина Валерия Вадимовна Voronina Valeriia Vadimovna vvsh85@mail.ru https://orcid.org/0000-0002-3686-9686 Антонова Елена Ивановна Antonova Elena Ivanovna antonov_67@mail.ru 00ksn4909 ФГБОУ ВО «Ульяновский государственный технический университет» Россия 00ksn4909 FSBEI of HE «Ulyanovsk State Technical University» Russia Научно-исследовательский центр фундаментальных и прикладных проблем биоэкологии и биотехнологии ФГБОУ ВО «Ульяновский государственный педагогический университет им. И.Н. Ульянова» Россия Nauchno-issledovatel'skii tsentr fundamental'nykh i prikladnykh problem bioekologii i biotekhnologii FGBOU VO "Ul'ianovskii gosudarstvennyi pedagogicheskii universitet im. I.N. Ul'ianova" Russia 117 128

данное исследование посвящено аннотации и анализу взаимодействий третичной структуры РНК, в частности образованных удаленными друг от друга элементами вторичной структуры РНК. Показано, что наиболее распространенным типом окружения рассматриваемых контактов является взаимодействие стема и классической шпильки, а также выявлено, что наиболее распространенным третичным мотивом, содержащим дальнодействующие контакты, является мотив типа А-минор.

 вторичная структура РНК третичная структура РНК третичные мотивы длинные некодирующие РНК lncRNA References Баулин Е.Ф. Классификация и идентификация структурных мотивов РНК: дис. … канд. биол. наук. 03.01.09 – математическая биология, биоинформатика. Научные руководители: д-р физ.-мат. наук Михаил Абрамович Ройтберг, канд. физ.-мат. наук, д-р биол. наук Иван Владимирович Кулаковский. – Пущино, 2021. Баулин Е. Ф. Классификация и идентификация структурных мотивов РНК Пущино Eugene Baulin, Victor Yacovlev, Denis Khachko, Sergei Spirin, Mikhail Roytberg, URS DataBase: universe of RNA structures and their motifs, Database, Volume 2016, 2016. URS DataBase: universe of RNA structures and their motifs, Novikova I.V., Hennelly S.P., Sanbonmatsu K.Y. Sizing up long non-coding RNAs: do lncRNAs have secondary and tertiary structure? // Bioarchitecture 2, 2012. 189–199. – doi: 10.4161/bioa.22592 Novikova I. V. Hennelly S. P. Sanbonmatsu K. Y. Sizing up long non-coding RNAs: do lncRNAs have secondary and tertiary structure? Bioarchitecture 2012 2 189 199 10.4161/bioa.22592 Annotation of the local context of RNA secondary structure improves the classification and prediction of A-minors, Anna A. Shalybkova, Darya S. Mikhailova, Ivan V. Kulakovskiy, Iliia I. Fakhranurova, Eugene F. Baulin. RNA August 2021 27: 907–919. Published in Advance May 20, 2021. Shalybkova A. Mikhailova D. Kulakovskiy I. Fakhranurova I. Baulin E. Annotation of the local context of RNA secondary structure improves the classification and prediction of A-minors Adams P.D., Afonine P.V., Baskaran K., Berman H.M., Berrisford J., Bricogne G., Brown D.G., Burley S.K., Chen M., Feng Z., Flensburg C., Gutmanas A., Hoch J.C., Ikegawa Y., Kengaku Y., Krissinel E., Kurisu G., Liang Y., Liebschner D., Mak L., Markley J.L., Moriarty N.W., Murshudov G.N., Noble M., Peisach E., Persikova I., Poon B.K., Sobolev O.V., Ulrich E.L., Velankar S., Vonrhein C., Westbrook J., Wojdyr M., Yokochi M. & Young J. Y. (2019). Acta Cryst. D75, 451–454. Adams P. D. Afonine P. V. Baskaran K. Berman H. M. Berrisford J. Bricogne G. Brown D. G. Burley S. K. Chen M. Feng Z. Flensburg C. Gutmanas A. Hoch J. C. Ikegawa Y. Kengaku Y. Krissinel E. Kurisu G. Liang Y. Liebschner D. Mak L. Markley J. L. Moriarty N. W. Murshudov G. N. Noble M. Peisach E. Persikova I. Poon B. K. Sobolev O. V. Ulrich E. L. Velankar S. Vonrhein C. Westbrook J. Wojdyr M. Yokochi M. Young J. Y. Acta Cryst. D75 Annotation of tertiary interactions in RNA structures reveals variations and correlations. Yurong Xin,Christian Laing,Neocles B. Leontis, Tamar Schlick. RNA 2008. 14: 2465–2477. Published in Advance October 28, 2008. Annotation of tertiary interactions in RNA structures reveals variations and correlations Classifying RNA pseudoknotted structures / A. Condon [et al.] // Theoretical Computer Science. – 2004. – June. – Vol. 320. №1. – P. 35–50. – DOI: 10.1016/j.tcs.2004.03. 042. Condon A. Classifying RNA pseudoknotted structures Theoretical Computer Science 2004 1 35 50 10.1016/j.tcs.2004.03 Engreitz J.M., Ollikainen N., Guttman M. Long non-coding RNAs: spatial amplifiers that control nuclear structure and gene expression // Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 2016, 17, 756–770 https://doi.org/10.1038/nrm.2016.126. Engreitz J. M. Ollikainen N. Guttman M. Long non-coding RNAs: spatial amplifiers that control nuclear structure and gene expression Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2016 17 10.1038/nrm.2016.126 Functional insights from the structure of the 30S ribosomal subunit and its interactions with antibiotics / A.P. Carter [et al.] // Nature. – 2000. – Sept. – Vol. 407. №6802. – P. 340–348. – DOI: 10.1038/35030019. Carter A. P. Functional insights from the structure of the 30S ribosomal subunit and its interactions with antibiotics Nature 2000 6802 10.1038/35030019 Fürtig B., Richter C., Wöhnert J., Schwalbe, H. (2003). NMR spectroscopy of RNA. Chembiochem. 4, 936–962. – doi: 10.1002/cbic.200300700. Fürtig B. Richter C. Wöhnert J. Schwalbe H. NMR spectroscopy of RNA. Chembiochem. 4 10.1002/cbic.200300700 Gorodkin J., Ruzzo W. L. RNA sequence, structure, and function: computational and Bioinformatic methods. – Springer, 2014. – DOI: 10.1007/978-1-62703-709-9. Gorodkin J. Ruzzo W. L. RNA sequence, structure, and function: computational and Bioinformatic methods 10.1007/978-1-62703-709-9 Hendrix D.K., Brenner S.E., Holbrook S.R. RNA structural motifs: building blocks of a modular biomolecule // Quarterly Reviews of Biophysics. – 2005. – Aug. – Vol. 38. №3. – P. 221–243. – DOI: 10.1017/s0033583506004215. Hendrix D. K. Brenner S. E. Holbrook S. R. RNA structural motifs: building blocks of a modular biomolecule Quarterly Reviews of Biophysics 2005 3 10.1017/s0033583506004215 Higgs P.G. (2000) RNA Secondary Structure: Physical and Computational Aspects. Quart. Rev. Biophys. 33, 199–253. Higgs P. G. RNA Secondary Structure: Physical and Computational Aspects. Quart.. 33 Leontis N.B., Zirbel C.L. (2012) Nonredundant 3D Structure Datasets for RNA Knowledge Extraction and Benchmarking. In: Leontis N., Westhof E. (eds) RNA 3D Structure Analysis and Prediction. Nucleic Acids and Molecular Biology, vol 27. Springer, Berlin, Heidelberg. Leontis N. B. Zirbel C. L. Leontis N. Westhof E. Nonredundant 3D Structure Datasets for RNA Knowledge Extraction and Benchmarking Low J.T., Weeks K.M. SHAPE-directed RNA secondary structure prediction // Methods. – 2010. – Oct. – Vol. 52. №2. – P. 150–158. – DOI: 10.1016/j.ymeth.2010.06.007. Low J. T. Weeks K. M. SHAPE-directed RNA secondary structure prediction Methods 2010 2 10.1016/j.ymeth.2010.06.007 Perkel J.M. Visiting «noncodarnia» // BioTechniques – 2013. – Vol. 54. N6. – P. 301, 303–304. Perkel J. M. Visiting «noncodarnia» BioTechniques 2013 6 Regalia M. Prediction of signal recognition particle RNA genes // Nucleic Acids Research. – 2002. – Aug. – Vol. 30. №15. – P. 3368–3377. – DOI: 10.1093/nar/gkf468. Regalia M. Prediction of signal recognition particle RNA genes Nucleic Acids Research 2002 15 10.1093/nar/gkf468 Rossi J.J. Ribozyme diagnostics comes of age // Chemistry & Biology (англ.) рус. – 2004. – Т. 11. №7. – С. 894–895. – doi:10.1016/j.chembiol.2004.07.002. Rossi J. J. Ribozyme diagnostics comes of age Chemistry & Biology 2004 7 894 895 10.1016/j.chembiol.2004.07.002 Stephen K. Burley, Helen M. Berman, Charmi Bhikadiya, Chunxiao Bi, Li Chen, Luigi Di Costanzo, Cole Christie, Ken Dalenberg, Jose M. Duarte, Shuchismita Dutta, Zukang Feng, Sutapa Ghosh, David S. Goodsell, Rachel K. Green, Vladimir Guranović, Dmytro Guzenko, Brian P. Hudson, Tara Kalro, Yuhe Liang, Robert Lowe, Harry Namkoong, Ezra Peisach, Irina Periskova, Andreas Prlić, Chris Randle, Alexander Rose, Peter Rose, Raul Sala, Monica Sekharan, Chenghua Shao, Lihua Tan, Yi-Ping Tao, Yana Valasatava, Maria Voigt, John Westbrook, Jesse Woo, Huanwang Yang, Jasmine Young, Marina Zhuravleva, Christine Zardecki, RCSB Protein Data Bank: biological macromolecular structures enabling research and education in fundamental biology, biomedicine, biotechnology and energy, Nucleic Acids Research, Volume 47, Issue D1, 08 January 2019, Pages D464-D474 Stephen K. Helen M. Jose M. David S. Rachel K. Brian P. RCSB Protein Data Bank: biological macromolecular structures enabling research and education in fundamental biology, biomedicine, biotechnology and energy Nucleic Acids Research 2019 Stochastic Sampling of Structural Contexts Improves the Scalability and Accuracy of RNA 3D Module Identification / R. Sarrazin-Gendron [et al.] // Lecture Notes in Computer Science. – Springer International Publishing, 2020. – P. 186–201. – DOI: 10.1007/978-3-030–45257-5_12. Sarrazin-Gendron R. Stochastic Sampling of Structural Contexts Improves the Scalability and Accuracy of RNA 3D Module Identification 10.1007/978-3-030–45257-5_12 Xiang-Jun Lu, Harmen J. Bussemaker, Wilma K. Olson, DSSR: an integrated software tool for dissecting the spatial structure of RNA, Nucleic Acids Research, Volume 43, Issue 21, 2 December 2015, Page e142. Bussemaker H. Olson W. Xiang-Jun Lu. DSSR: an integrated software tool for dissecting the spatial structure of RNA Nucleic Acids Research 2015 Zuker M., Mathews D. H., Turner D. H. Algorithms and Thermodynamics for RNA Secondary Structure Prediction: A Practical Guide // RNA Biochemistry and Biotechnology. – Springer Netherlands, 1999. – P. 11–43. – DOI: 10.1007/978-94-011-4485-8_2. Zuker M. Mathews D. H. Turner D. H. Algorithms and Thermodynamics for RNA Secondary Structure Prediction: A Practical Guide RNA Biochemistry and Biotechnology 11 43 10.1007/978-94-011-4485-8_2 Воронина В.В. Анализ окружения дальнодействующих контактов в структурах некодирующих РНК / В.В. Воронина, Е.Ф. Баулин [Электронный ресурс]. – Режим доступа: https://www.9111.ru/questions/777777777775012/ Воронина В. В. Баулин Е. Ф. Анализ окружения дальнодействующих контактов в структурах некодирующих РНК https://www.9111.ru/questions/777777777775012/