10.31483/a-10871 Фундаментальные и прикладные исследования по приоритетным направлениям биоэкологии и биотехнологии Fundamental and applied research for key propriety areas of bioecology and biotechnology

В сборнике представлены статьи участников IX Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Фундаментальные и прикладные исследования по приоритетным направлениям биоэкологии и биотехнологии». В материалах сборника приведены результаты теоретических и прикладных изысканий представителей научного и образовательного сообщества в области биологии и медицины. Статьи представлены в авторской редакции.

 chief_editor Антонова Елена Ивановна Antonova Elena Ivanovna https://orcid.org/0000-0002-3686-9686 antonov_67@mail.ru Ленгесова Наталья Анатольевна Lengesova Natal'ia Anatol'evna https://orcid.org/0000-0001-7512-6386 lengesova@yandex.ru Фирсова Наталья Викторовна Firsova Natalia Viktorovna https://orcid.org/0000-0002-9907-8857 n-firsova@mail.ru Антонова Елена Ивановна Antonova Elena Ivanovna https://orcid.org/0000-0002-3686-9686 Антонова Елена Ивановна Antonova Elena Ivanovna https://orcid.org/0000-0002-3686-9686 Ленгесова Наталья Анатольевна Lengesova Natal'ia Anatol'evna https://orcid.org/0000-0001-7512-6386 Фирсова Наталья Викторовна Firsova Natalia Viktorovna https://orcid.org/0000-0002-9907-8857 Давидюк Юрий Николаевич Ефремов Андрей Николаевич Efremov Andrei Nikolaevich https://orcid.org/0000-0001-8983-392X Ачилов Атабег Батырович Achilov Atabeg Batyrovich Торутанов Павел Сергеевич Torutanov Pavel Sergeevich Фундаментальные и прикладные исследования по приоритетным направлениям биоэкологии и биотехнологии Fundamental and applied research for key propriety areas of bioecology and biotechnology 22 05 2026 Ульяновск ИД «Среда» 1900 © 2026 Polina I. Elboeva, Natalia I. Andreeva, Aleksei D. Batalin, Ekaterina V. Martynova, Emmanuel Kabve, Iurii N. Davidiuk, Svetlana F. Khaibullina © 2026 Елбоева П. И., Андреева Н. Ю., Степанкова Д. А., Баталин А. Д., Мартынова Е. В., Кабве Э., Давидюк Ю. Н., Хайбуллина С. Ф. 2026 Елбоева П. И., Андреева Н. Ю., Степанкова Д. А., Баталин А. Д., Мартынова Е. В., Кабве Э., Давидюк Ю. Н., Хайбуллина С. Ф. Polina I. Elboeva, Natalia I. Andreeva, Aleksei D. Batalin, Ekaterina V. Martynova, Emmanuel Kabve, Iurii N. Davidiuk, Svetlana F. Khaibullina This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0) Это произведение доступно по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0) 167194 Мультиэпитопные вакцины против инфекционных заболеваний: концепция и дизайн вакцинной конструкции in silico Multiepitope vaccines against infectious diseases: in silico vaccine design and concept https://orcid.org/0009-0001-2949-3289 Елбоева Полина Игоревна Elboeva Polina Igorevna polinaelboeva@mail.ru https://orcid.org/0009-0003-8220-6108 Андреева Наталья Юрьевна Andreeva Natalia Iurevna natasha_andreeva_2000@mail.ru https://orcid.org/0009-0008-7639-345X Степанкова Дарья Андреевна d.stepankova94@gmail.com Баталин Алексей Денисович Batalin Aleksei Denisovich alebat020405@gmail.com https://orcid.org/0000-0003-1537-3099 Мартынова Екатерина Владимировна Martynova Ekaterina Vladimirovna ignietferro.venivedivici@gmail.com Кабве Эммануэль Kabve Emmanuel https://orcid.org/0000-0002-4409-2942 Давидюк Юрий Николаевич Davidiuk Iurii Nikolaevich davi.djuk@mail.ru https://orcid.org/0000-0002-5064-570X Хайбуллина Светлана Францевна Khaibullina Svetlana Frantsevna 05256ym39 Казанский (Приволжский) федеральный университет Россия 05256ym39 Kazan Federal University Russia Научно-клинический центр прецизионной и регенеративной медицины ФГАОУ ВО «Казанский (Приволжский) федеральный университет» Россия Nauchno-klinicheskii tsentr pretsizionnoi i regenerativnoi meditsiny FGAOU VO "Kazanskii (Privolzhskii) federal'nyi universitet" Russia

Мультиэпитопные вакцины представляют собой перспективный инструмент профилактики вирусных инфекций, способный индуцировать комплексный гуморальный и клеточный иммунный ответ. В статье рассмотрены современные подходы к проектированию in silico химерных вакцинных конструкций: критерии отбора эпитопов, методы прогнозирования перспективных Т- и В-клеточных эпитопов, выбор линкеров и адъювантов, структурное моделирование, молекулярный докинг и симуляция иммунного ответа. Интеграция иммунноинформатических методов и молекулярного моделирования существенно ускоряет разработку вакцинных кандидатов и повышает точность прогнозирования до начала экспериментальной проверки.

 мультиэпитопные вакцины иммунноинформатика эпитопы молекулярный докинг структурное моделирование дизайн in silico Работа выполнена в рамках Программы стратегического академического лидерства Казанского (Приволжского) федерального университета (Приоритет 2030). References Design of the linkers which effectively separate domains of a bifunctional fusion protein / R. Arai, H. Ueda, A. Kitayama [et al.] // Protein Engineering. – 2001. – Vol. 14, No. 8. – P. 529–532. EDN: IVXQCJ Ueda H. Kitayama A. 529 532 IVXQCJ Design, Development and Immunogenicity Study of a Multi-Epitope Vaccine Prototype Against SARS-CoV-2 / M. Atanasova, I. Dimitrov, N. Ralchev [et al.] // Pharmaceuticals. – 2024. – Vol. 17, No. 11. – P. 1498. https://doi.org/10.3390/ph17111498. EDN: NMDMBE Dimitrov I. Ralchev N. 10.3390/ph17111498 NMDMBE Chen X. Fusion protein linkers: property, design and functionality / X. Chen, J.L. Zaro, W.C. Shen // Advanced Drug Delivery Reviews. – 2013. – Vol. 65, No. 10. – P. 1357–1369. Chen X 1357 1369 DeLano W. L. PyMOL User's Guide / W. L. DeLano. – San Francisco: DeLano Scientific LLC, 2004. DeLano W. DeLano Scientific LLC 2004 2004 Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold / J. Jumper, R. Evans, A. Pritzel [et al.] // Nature. – 2021. – Vol. 596, No. 7873. – P. 583–589. https://doi.org/10.1038/s41586-021-03819-2. EDN: GEXUCN Evans R. Pritzel A. 583 589 10.1038/s41586-021-03819-2 GEXUCN NetSurfP-2.0: Improved prediction of protein structural features by integrated deep learning / M.S. Klausen, M.C. Jespersen, H. Nielsen [et al.] // Proteins. – 2019. – V. 87, No. 6. – P. 520–527. Jespersen M. C. Nielsen H. 520 527 MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across Computing Platforms / S. Kumar, G. Stecher, M. Li [et al.] // Mol. Biol. Evol. – 2018. – Vol. 35, No. 6. – P. 1547–1549. Stecher G. 1547 1549 CABS-flex 2.0: a web server for fast simulations of flexibility of protein structures / A. Kuriata, A. M. Gierut, T. Oleniecki [et al.] // Nucl. Acids Res. – 2018. – Vol. 46, W1. – P. W338-W343. Gierut A. M. Oleniecki T. PEP-FOLD3: faster de novo structure prediction for linear peptides in solution and in complex / A. Lamiable, P. Thévenet, J. Rey [et al.] // Nucl. Acids Res. – 2016. – Vol. 44, W1. – P. W449-W454. Thévenet P. Rey J. Mohammadipour, S. Designing a multi-epitope universal vaccine for concurrent infections of SARS-CoV-2 and influenza viruses using an immunoinformatics approach / S. Mohammadipour, H. Tavakkoli, S.N. Fatemi [et al.] // BMC Inf. Dis. – 2025. – Vol. 25. – P. 688. https://doi.org/10.1186/s12879-025-11066-3. EDN: XNCIFS 10.1186/s12879-025-11066-3 XNCIFS Ong Y.C. An Immunoinformatic Approach for Identifying and Designing Conserved Multi-Epitope Vaccines for Coronaviruses / Y.C. Ong, B.A. Tejo, W. B. Yap // Biomedicines. – 2024. – V. 12, No. 11. – P. 2530. https://doi.org/10.3390/biomedicines12112530. EDN: VZOZEH Ong YC 10.3390/biomedicines12112530 VZOZEH Integrated in-silico design and in vivo validation of multi-epitope vaccines for norovirus / J. Qiu, Y. Wei, J. Shu [et al.] // Virol. J. – 2025. – Vol. 22. – P. 166. Wei Y. Shu J. Rapin N. Immune system simulation online / N. Rapin, O. Lund, F. Castiglione // Bioinformatics. – 2011. – Vol. 27, No. 14. – P. 2013–2014. Rapin N 2013 2014 Rehman Z. Sculpting multi-epitope vaccine against Monkeypox viral strains using immunoinformatics / Z. Rehman, A. Fahim, M. Irtash // Acta Virologica. – 2025. – Vol. 68. – P. 13542. https://doi.org/10.3389/av.2024.13542. EDN: NSUDWD Rehman Z 10.3389/av.2024.13542 NSUDWD Designing a multi-epitope vaccine against SARS-CoV-2: an immunoinformatics approach / A. Samad, F. Ahammad, Z. Nain [et al.] // J. Biomol. Struct. Dynamics. – 2022. – Vol. 40, No. 1. – P. 14–30. https://doi.org/10.1080/07391102.2020.1792347. EDN: OZZRRH Ahammad F. Nain Z. 14 30 10.1080/07391102.2020.1792347 OZZRRH CASTp 3.0: computed atlas of surface topography of proteins / W. Tian, C. Chen, X. Lei [et al.] // Nucl. Acids Res. – 2018. – V. 46, W1. – P. W363-W367. Chen C. Lei X. Villanueva-Flores F. AI-driven epitope prediction: a systematic review, comparative analysis, and practical guide for vaccine development / F. Villanueva-Flores, J. I. Sanchez-Villamil, I. Garcia-Atutxa // Vaccines. – 2025. – Vol. 10. – P. 207. Sanchez J. I. Garcia I. Villanueva-Flores F. The Immune Epitope Database (IEDB): 2018 update / R. Vita, S. Mahajan, J. A. Overton [et al.] // Nucl. Acids Res. – 2019. – V. 47, D1. – P. D339-D343. Mahajan S. Overton J. A.