En
Register Log in
  1. Main
  2. Conference
  3. Fundamental and applied research for key propriety...
  4. Osobennosti genoma shtammov Orthohantavirus puumal...

Osobennosti genoma shtammov Orthohantavirus puumalaense, vyiavlennykh v Rybno-Slobodskom raione Respubliki Tatarstan

Proceeding
DOI: 10.31483/r-111921
Open Access
All-Russian scientific conference with International Participation «Fundamental and applied research for key propriety areas of bioecology and biotechnology»
Creative commons logo
Published in:
All-Russian scientific conference with International Participation «Fundamental and applied research for key propriety areas of bioecology and biotechnology»
Authors:
Timur R. Nasyrov 1 , Iurii N. Davidiuk 2
Work direction:
Молекулярная биология, генетика, микробиология
Pages:
68-75
Received: 23 May 2024

Rating:
Article accesses:
651
Published in:
РИНЦ
1 Kazan Federal University
2 Nauchno-klinicheskii tsentr pretsizionnoi i regenerativnoi meditsiny FGAOU VO "Kazanskii (Privolzhskii) federal'nyi universitet"
For citation:
Nasyrov T. R., & Davidiuk I. N. (2024). Osobennosti genoma shtammov Orthohantavirus puumalaense, vyiavlennykh v Rybno-Slobodskom raione Respubliki Tatarstan. Fundamental and applied research for key propriety areas of bioecology and biotechnology, 68-75. Чебоксары: PH "Sreda". https://doi.org/10.31483/r-111921

Abstract

Проведены сравнительный и филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей отдельных сегментов генома штаммов Orthohantavirus puumlaense из Рыбно-Слободского района Республики Татарстан. Установлено, что исследованные штаммы наиболее близкородственны штаммам из Мамадышского района, вместе с ними образуют отдельную группу в Предкамье, варианты генома которой, вероятно, имеют гибридное происхождение.

Acknowledgments

Работа выполнена в рамках Программы стратегического академического лидерства Казанского (Приволжского) федерального университета (ПСАЛ–2030).

References

  1. 1. Blinova E. A fatal case of haemorrhagic fever with renal syndrome in Kursk Region, Russia, caused by a novel Puumala virus clade / E. Blinova, A. Deviatkin, S. Kurashova [et al.] // Journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases. – 2022. – V. 102. – A. 105295. DOI 10.1016/j.meegid.2022.105295. EDN NCOMTU
  2. 2. Blinova E. Evolutionary Formation and Distribution of Puumala Virus Genome Variants, Russia / E. Blinova, A. Deviatkin, M. Makenov [et al.] // Emerging infectious diseases. – 2023. – V. 29. – P. 1420–1424. DOI 10.3201/eid2907.221731. EDN BOADFE
  3. 3. Castel G. Phylogeography of Puumala orthohantavirus in Europe / G. Castel, F. Chevenet, M. Razzauti [et al.] // Viruses. – 2019. – V. 11. – A. 679. DOI 10.3390/v11080679. EDN YYRSDB
  4. 4. Davidyuk Y. Prevalence of the Puumala orthohantavirus Strains in the Pre-Kama Area of the Republic of Tatarstan, Russia / Y. Davidyuk, A. Shamsutdinov, E. Kabwe [et al.] // Pathogenes. – 2020. – Vol. 9. – Art. 540.
  5. 5. Davidyuk Y. The Distribution of Puumala orthohantavirus Genome Variants Correlates with the Regional Landscapes in the Trans-Kama Area of the Republic of Tatarstan / Y. Davidyuk, E. Kabwe, A. Shamsutdinov [et al.] // Pathogenes. – 2021. – V. 10. – A.1169.
  6. 6. Dekonenko A. Genetic similarity of Puumala viruses found in Finland and western Siberia and of the mitochondrial DNA of their rodent hosts suggests a common evolutionary origin / A. Dekonenko, V. Yakimenko, A. Ivanov [et al.] // Infection, genetics and evolution: journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases. – 2003. – V. 3. – P. 245–257. DOI 10.1016/S1567-1348(03)00088-1. EDN LHXOQX
  7. 7. Kabwe E. Analysis of Puumala orthohantavirus Genome Variants Identified in the Territories of Volga Federal District / E. Kabwe, W.Al Sheikh, A.F. Shamsutdinov [et al.] // Tropical Medicine and Infectious Disease. – 2022. – V.7,3. – A.46. DOI 10.3390/tropicalmed7030046. EDN OWBQNB
  8. 8. Kabwe E. Orthohantaviruses, Emerging Zoonotic Pathogens / E. Kabwe, Y. Davidyuk, A. Shamsutdinov [et al.] // Pathogens. – 2020. – V. 9. – A.775. DOI 10.3390/pathogens9090775. EDN VKOBXG
  9. 9. Kabwe E. Puumala Orthohantavirus Reassortant Genome Variants Likely Emerging in the Watershed / E. Kabwe, A.F. Shamsutdinov, S. Suleimanova [et al.] // Frontiers in bioengineering and biotechnology. – 2023. – V.24. – A.1018.
  10. 10. Kariwa H. Epidemiological study of hantavirus infection in the Samara Region of European Russia / H. Kariwa, E.A. Tkachenko, V.G. Morozov [et al.] // The Journal of veterinary medical science. – 2009. – V. 71. – P. 1569–1578. DOI 10.1292/jvms.001569. EDN MWWRJH
  11. 11. Martin D.P. RDP4: Detection and analysis of recombination patterns in virus genomes / D.P. Martin, B. Murrell, M. Golden [et al.] // Virus Evolution. – 2015. – V.1. – I.1.
  12. 12. Razzauti M. Analysis of Puumala hantavirus in a bank vole population in northern Finland: evidence for co-circulation of two genetic lineages and frequent reassortment between strains / M. Razzauti, A. Plyusnina, T. Sironen [et al.] // The Journal of general virology. – 2009. – V. 90. – P. 1923–1931. DOI 10.1099/vir.0.011304-0. EDN XXJCEK
  13. 13. Tamura K. Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees / K. Tamura, M. Nei // Molecular Biology and Evolution. – 1993. – V.10. – P. 512–526. EDN ITKNLD
  14. 14. Tamura K. MEGA11: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 11 / K. Tamura, G. Strecher, S. Kumar // Molecular Biology and Evolution. – 2021. – V.38. – P. 3022–3027.
  15. 15. Блинова Е.А. Генетические особенности вируса Пуумала (Hantaviridae: Orthohantavirus), обнаруженного в Московской области / Е.А. Блинова, М.Т. Макенов, Е.С. Морозкин [и др.] // Вопросы вирусологии. – 2023. – №68. – С. 283–290. DOI 10.36233/0507-4088-177. EDN NUUNOK
  16. 16. Елбоева П.И. Молекулярно-генетический анализ нуклеотидных последовательностей генома Puumala orthohantavirus, выявленных в Республике Мордовия / П.И. Елбоева, Ю.Н. Давидюк // Фундаментальные и прикладные исследования по приоритетным направлениям биоэкологии и биотехнологии. – 2023. – С. 57–65. DOI 10.31483/r-106903. EDN WPSFEI
  17. 17. Краснов Я.М. Филогенетический анализ вариантов вируса Пуумала (Hantaviridae: Orthohantavirus), циркулирующих на территории Саратовской области / Я.М. Краснов, Е.В. Найденова, Н.П. Гусева [и др.] // Вопросы вирусологии. – 2024. – №69. – С. 162–174.
  18. 18. Насыров Т.Р. Анализ генома штаммов Puumala orthohantavirus, выявленных в Бавлинском районе Республики Татарстан / Т.Р. Насыров, Ю.Н. Давидюк // Фундаментальные и прикладные исследования по приоритетным направлениям биоэкологии и биотехнологии. – 2023. – С. 74–80. DOI 10.31483/r-106792. EDN AREWFO
  19. 19. Савицкая Т.А. Хантавирусные болезни: обзор эпидемиологической ситуации в мире. Анализ эпидемиологической ситуации по геморрагической лихорадке с почечным синдромом в российской Федерации в 2023 г. и прогноз на 2024 г. / Т.А. Савицкая, А.В. Иванова, А.А. Зубова [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. – 2023. – №1. – С. 113–124.
  20. 20. Яшина Л.Н. Возбудитель вспышки ГЛПС в Саратовской области, 2019 г. / Л.Н. Яшина, Т.В. Трегубчак, Б.С. Малышев [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. – 2021. – №4. – С. 150–156. DOI 10.21055/0370-1069-2021-4-150-156. EDN DXXSEY

Comments(0)

When adding a comment stipulate:
  • the relevance of the published material;
  • general estimation (originality and relevance of the topic, completeness, depth, comprehensiveness of topic disclosure, consistency, coherence, evidence, structural ordering, nature and the accuracy of the examples, illustrative material, the credibility of the conclusions;
  • disadvantages, shortcomings;
  • questions and wishes to author.